攻撃Aは全て自機狙いなので、1キャラ移動のみで回避できます。タイミングも1周目とほぼ同じです。
(1) まずはじめに、ボスは白弾を6セット連射してきます。 この攻撃ではどれも中央から2つ目の弾が自機を狙っているので、発射後1キャラ分だけ移動すれば回避できます。しかし各セットの発射間隔は非常に短いので、 (2) 弾を十分に引き付けて3セット分を1回だけの移動で回避するといいでしょう。 (3) 4〜6セット目も同様に弾を引き付け、 (4) 3セット分をまとめて1回の移動で回避します。

(5)するとボスは間髪いれずに長方形弾を撃ってきます。しかしこれは単なる自機狙いの奇数way弾なので、 (6)発射後に1キャラ分移動すれば簡単に回避できます。ただし長方形弾が発射される前に白弾の回避を終えていないと、長方形弾の軌道がずれるので気を付けましょう。 (7)長方形弾を回避したらドラゴンを画面中央のラインに設置し、自機は「Magic」の「c」あたりに移動して次に備えます。

分裂弾の攻撃は全て自機基準で、左に1キャラ分移動したところに隙間ができるようになっています。
分裂弾は1セットにつき4発づつ撃たれ、 各セットでは2発づつ時間差で攻撃してきますが、弾を十分に引き付けることで4発を1回の移動でまとめて回避していきます。 (8)まず1セット目ですが、はじめの2発の弾を引き付け、 (9)続く2発が分裂したら左に1キャラ分移動して、 (10)4発まとめて回避します。 (11)2セット目も同様にして回避しますが、このとき左上に移動して回避するようにし、 最終的には画面左下隅から少し上に位置するようにします。この位置取りは次の増殖弾を回避するために必要です。

増殖弾の軌道が放物線となり、回避する場所とタイミングが解り難くなっているので動画等も参考に。また、AC版とは異なりPS2版では全く処理落ちしないので、難易度もかなり高くなってしまいます。
(12)増殖弾開始時は画面左下から少し上の位置にいるはずなので、まずは右下に移動してビーム弾を回避します。 (13)そして2発目の増殖弾がくる前に1本目の軌道を横切り、 (14)3発目の増殖弾がくる頃には2本目の軌道手前まで移動し、ビーム弾をしっかり回避していきます。

(15)そして4発目の増殖弾がくる前に2本目の軌道を横切り、 (16)5発目の増殖弾がくる前に3本目の軌道手前まで移動します。 (17)さらに6発目の増殖弾がくる前に3本目の軌道を横切り、 (18)最後に右端でビーム弾を回避するあたりで攻撃が終わります。

(19,20)次に分裂弾が2セットきます。これは分裂弾の場所と自機の位置が異なるだけで、回避法は攻撃Bとまったく同じなので、1セット4発をまとめて1回の移動で回避します。 (21,22)2セット目も同様です。

偶数, 奇数wayを交互に回避するだけですが、ラスボス戦でもっともタイミングがシビアな攻撃です。 攻撃力が高いキャラを使っているならば、この攻撃の前に破壊できるパターンを組むと良いでしょう。本攻略では第3形態にて溜め撃ちを多く使う都合上、この攻撃を回避するパターンを組んでいます。
(23)まず直前の分裂弾を避け終えたときに、ボス正面から1キャラだけずれた場所に位置するようにします。 (24)すると高速で長方形弾を撃ってきます。第1波は偶数wayなので動かず回避し、 (25)第2波は奇数wayなので1キャラ移動で回避します。

(26)続く第3波は偶数wayなのですが、第2波を回避した時に被弾コースに入るので元の位置に戻るように1キャラ移動で回避します。 (27)そして第4波の奇数wayも1キャラ移動で回避し、 (28)最終的にボス正面に移動します。 (29)すると赤弾は左右対称かつ正面には撃ってこないので、動かずに回避できます。 (30)この後はボスに大きなスキができるので、近づいてDシュートを撃ち込めば第1形態を破壊できます。

弾速が上がっていますが回避方法は1周目と全く同じ。弾幕が2重になっているのも見掛け倒しです。
(30)はじめに画面下中央付近で待機しておきます。まず第1波は自機を正確に狙っている弾があるので、 (31) これを左に1キャラ移動して回避します。次に第2波の弾が自機目掛けて飛んでくるので、 (32)これも左に1キャラ移動して回避します。続く第3波の弾も第2波と同様なので、左に1キャラ移動して回避します。

(33)次の第4波の軌道は第3波と同じなので、 第3波を回避した状態で動かなければ当たりません。 (34)そして第5波は自機の左寄りに飛んでくるので、 (35)これを右に1キャラ移動して回避し、最後の第6波も第5波と同様にして、 (36)右に１キャラ移動して回避します。

ビットは素早く処理し、後の挟み込み弾に備えて撃ち返し弾が邪魔にならないように誘導しましょう。
(37)長方形弾の後にボスはビットを左右に2つづつ、計4つ放出します。 (38)ここではDダストを使って素早く処理していきますが、ボス本体へのダメージ効率を上げるためにもある程度近づく必要があります。 また、左側2つと右側1つの撃ち返し弾は画面中央へと撃たせ、最後に放出される右側1つの撃ち返し弾は折り返す際に画面右側へと撃たせると、動きが邪魔されずに済みます。 (39)そして4つのビットを処理したらDシュートを撃ち込みつつ画面中心部へと移動します。なお、今度ドラゴンを戻す際には必ずAブラストを使ってダメージ効率を上げます。

あらかじめ画面中心部で待機し、長方形弾とビーム弾の速度差に気を付けて追い付かれないように。
(40)挟み込み弾ではまず高速の長方形弾が飛んでくるので、発射と同時に画面上部へ移動してこれを回避します。 (41)その後遅れてビーム弾が飛んでくるので、ボス本体に体当たりしないよう少しづつ上部へ移動し続けます。 (42)そしてドラゴンが戻り次第Dシュートを撃ち込み、少し横にずれた位置で次の攻撃に備えます。

(43)Aブラストを使いつつドラゴンが戻るのを待っていると、 (44)戻ってくるとほぼ同時にボスの攻撃が始まります。しかしボス正面を横切りつつDシュートを撃ち込めば、 (45)丁度第2形態を破壊できます。途中のダメージ効率が悪いと、ここまでに破壊できない場合があります。攻撃Dは複雑なので素直にボムを使いましょう。

鈍足ソニアにとってドラゴン操作がシビアな場面です。 失敗したら迷わずボムでフォローしましょう。また第3形態では、ドラゴン分離中は必ずAブラストを使い続けてダメージ効率を最大限に上げます。
(46)まずは1周目と同様にボスはビットを放出するので、Dシュートで破壊します。 (47)次にドラゴンを残したまま画面右上へと移動して撃ち返し弾を回避します。 (48)そしてボスが赤弾と三日月弾を撃つのと同時に、ドラゴンを戻しつつボス正面方向へと移動してこれらを回避します。 (49)ドラゴンは戻り次第再びDシュートを撃ち込みますが、 このとき少しでもボス本体より上部に設置するようにします。 もし位置が低いと攻撃Dで三日月弾を正面に撃たれてしまいます。 またDシュートを撃ち込んだ後に、自機は画面最下部のボス正面から1キャラずれたラインに移動します。

左右対称針弾と自機基準白弾の組み合わせですが、弾幕自体が非常に複雑なので、こればかりは体で覚えるしかありません。ちなみにタイミングは、第1形態の攻撃Eほどシビアではないと思います。
(50)続いてボスは間髪入れずに針弾と白弾を撃ってきます。 (51)そこで白弾の発射を確認してからボス正面にできる針弾の隙間に入り、すぐにまた右に抜けます。始めからボス正面に入ると白弾に道を阻まれるので注意です。 (52,53)その後は白弾に気を付けつつ針弾の道を右,左と移動して回避していきます。

(54)そして針弾が残っているうちにボスは赤弾と三日月弾を撃ってきます。 ドラゴンの設置に問題がなければ三日月弾は正面に飛んでこないなので、 (55)赤弾のみを避けつつ右側へ移動していきます。また、このとき自機のショットもなるべくボスに当てるようにして、ダメージ効率アップを図ります。 (56)しっかりと撃ち込んでいれば、 ボスが再び針弾と白弾を撃ってくる直前に破壊できます。 もしダメージ効率が低いと感じる場合、右側へ移動するときにドラゴンを戻しつつボスに近づき、針弾と白弾を撃たれる前にDシュートを撃ち込むのも手です。